这问题太难了，随便聊几句
一.从动画谈所谓「杂质」与「清算」
试图抛开动画讲漫画的，我觉得都不是很合理的判断。
就拿娜乌西卡这个人物来讲，是的，她在后期的确转变成了宫崎骏喉舌式的男性化、阴郁的形象。但是不了解宫崎骏早期的工作的话，你根本不知道娜乌西卡人物的元素之一是——峰不二子。
之前和群友聊过所谓的「大大的胸部是用来拥抱」的搞笑话语的事情，其实这种问题对于熟悉宫崎骏的观众来讲根本不是问题。包括《风之谷》动画里所谓的「秋裤」（笑）的问题，其实都很简单，那个时候的宫崎骏表现女角色就是这样子来的，就是照搬了自己对峰不二子的塑造方式。就像庵野说什么「乳摇鼻祖」，都学学看人家这水准，评价地多到位。
这种「落差」、「杂质」，其实是构成《风之谷》这部作品魅力的一部分，而很难被观众所认知和承认。
《风之谷》动画上映和制作过程中，因为各种大人的原因，作品出现了巨大的偏移。最终什么「复活」，简直就是耻辱，就是投降。这是宫崎监督在自己不成熟时期，被资本和商业运作绑架胁迫之下的投降。
宫崎骏绝不是察觉不到这种事情的创作者，他在设计结局的时候是想做到娜乌西卡被王虫撞飞就结束的，这其实一下子就对上味了。但是因为他「不做悲剧」的一些执念，以及当时外界观众对作品的期望（「呼唤爱的少女的奇迹」什么的），彻底地扭曲了作品。在作品上映之后，他也多次表达过对结尾处理的遗憾。
但是，你遗憾归遗憾，观众喜欢啊！
娜乌西卡所谓的爱似乎是感动了上苍创造了奇迹，在大家的祝福之中复活，冲突各方因此和解——当时的观众很吃这一套。
《风之谷》动画的巨大成功，塑造了一个博爱、善良、美丽，同时又性感、勇敢的最理想的少女形象。
观众对娜乌西卡的印象急剧固化。
其实这种固化的倾向，从《风之谷》主题曲的选取，以及之后混乱的宣发之中，已经能够初现端倪。
《风之谷》动画里的娜乌西卡形象不是宫崎骏所要塑造的形象，但是因为各种原因，最终真的塑造出了近乎完美符合观众期望的角色，从此固化。
这是一件非常有趣的事情，但更有趣的是，敏锐察觉到观众固化印象的宫崎骏随后展开了精彩而惨烈的逆转和清算。
二、宫崎骏的逆转
在其他回答里我们聊过，早在第一卷漫画，宫崎骏就已经准备为逆转观众认知而坐下铺垫了。
电影里明确指出的腐海所谓「净化自然」的论述，直接被删掉，取而代之的是娜乌西卡非常模糊的论述。
有趣的是，很多读者因为动画的原因完全没有注意到，直接默认这里娜乌西卡和电影里一样认为腐海是「净化自然」的。
随之而来的就是宫老爷子的组合拳连打了。他扎实地推进故事，动画里删除掉的土鬼方开始占据巨大的篇幅，对立与复杂冲突完全被展现了出来，事情开始发生变化了。
动画里非常单薄的库夏娜，开始展现出原本构思之中所谓「美女与野兽」之中那位「野兽」的使命，与娜乌西卡作为双女主，引导故事螺旋发展。
从一开始的「美女与野兽」的对立，到后面库夏娜的温柔、娜乌西卡的残忍，观众们看到了有如此塑造厚度的角色的悄然转变，看到了库夏娜与娜乌西卡的同一性，看到了娜乌西卡「美女」外表之中的「野兽」。
牛逼的是，宫崎骏还照模照样学动画版给娜乌西卡重新设计了场复活戏。就是娜乌西卡事实上选择自杀、进入梦境之后，再度苏醒的设计。
在看到腐海深处的娜乌西卡在苏醒（复活）之后，那个娜乌西卡和前面的是一个人？
之后的剧情可谓是一路狂飙直到结局，一个令对《风之谷》、娜乌西卡有固有印象的观众瞠目结舌的结局。
观众在《风之谷》动画里被煽动起来的情绪都变成了虚无，这让那些对动画移情的观众变得难以接受甚至愤怒。一些观众怒斥「娜乌西卡背叛了我们」，实际上就是观众期望、固有印象遭到彻底颠覆的结果。
《风之谷》的固有印象的建立过程是有时代特性的，如果那个时候业界没有强推宫崎骏，如果那个时候宫崎骏经验老道一些的话，都是不会建立起这样的固有印象的。而颠覆这些印象、对观众造成巨大冲击的机会，多少作者一辈子只有一次机会。
这就像什么呢？
这就像《名侦探柯南》里毛利小五郎突然揭穿柯南身份，告诉柯南自己早就知道你的身份其实一直在陪你演戏一样。73给观众加上的毛利小五郎的「固有印象」就是一个笨拙、爱老婆女儿、嘴硬、好吃懒做的工具人侦探，就算毛利小五郎在一集里面突然表现的特别聪明敏锐，观众心里也早就知道小五郎终归会出糗。
而宫崎骏做的事情，就是让小五郎彻底翻了个身，打破了和观众心中的约定。
而大家也想一想，如果小五郎真的翻身了，那也就是《柯南》完结的那一天了，事实上对于《风之谷》来讲，也确实如此。
三、难以琢磨的主题、巨大困难与乐观精神
《风之谷》的主题解读有很多很多，有好的，也有坏的。有人气冲冲地批判了一顿娜乌西卡，有人指责宫老爷子是「环保恐怖主义」，等等等等，非常丰富，看这个回答的各位应该也都看过不少讨论。
但事实上，绝大多数解读都有点偏。当然了，每个人都有每个人解读的自由，我也不好强求大家认同。只是从作者出发，《风之谷》表达的是无限的浪漫和乐观。
大家应当去看两篇文章，一篇是宫崎骏给《动物庄园》（你没看错）写的评语，另一篇是宫崎骏做完《On your mark》之后接受的采访文——《「On your mark」——刻意曲解歌词的作品》
看完这两篇文你就能明白他想在《风之谷》里表达什么了。下面节选一段供大家阅读：
——这部作品是「On Your Mark」的音乐电影，对吧。
宫崎 以「标题定位」来说确实如此，不过，在内容上则经过我的刻意曲解。故事是发生在世纪末之后。那是一个辐射能无所不在、疾病蔓延的世界。我觉得，那样的时代迟早会到来。那么，人类到时候要如何活下去呢，我一边拍一边想着这个问题。
那样的时代肯定会呈现混乱失序的无政府状态，但在体制批判方面，应该会趋向保守才对。因为，人们会害怕失去仅存的一些东西，假如真的变得一无所有，整个世界将完全失控，横尸荒野的景象将日益加剧。届时能为人类消除心中恐慌的，应该是「毒品」、「职业运动」和「宗教」吧？这些东西会蔓延开来。在那样的时代里，为了将想说的话隐藏在体制之下，只好借由一些隐语黑话来表达，我试着从这个角度去想像，结果就拍出了这部充满恶意曲解的电影（笑）。——例如有一段歌词是「一旦快跑向前，就会得流行性感冒」，里面所说的「流行性感冒」，指的就是被辐射能和疾病所笼罩的世界，对不对？
宫崎 （不置可否）从地球整体的历史来看，人类的问题的确很像是流行性感冒。——……两位警官营救出的天使，仿佛是混沌世界里的一线希望。「我们依然不退缩，只因为……」诚如歌词所言，营救天使的画面不断重复出现，历经多次失败之后，混沌世界中唯一得到救赎的天使终于展翅飞上青天。可是，两位警官却被留在地面……。
宫崎 她毕竟不是救世主，两位警官也不可能因为有营救之功就能够与她心灵交流。只是，身处混乱状况之中的他们并不愿意完全投降，心灵深处仍存有一份希望，一个不愿任何人碰触的角落，假如到最后真的非得放弃不可的话，他们宁愿将它放在一个无人可及的地方。就是这么一回事。在放开手的那一瞬间，彼此之间说不定真的曾经有过短暂的心灵交流。这样就够了，光是这样就够了。……他们一定会再回到警官的工作岗位上。只是不知道能否回得去就是了（笑）。——他们所回归的世界，依旧是那个有「流行性感冒」的世界。
宫崎 到最后，还是只能再从那里开始。因为，就算在纷乱的时代里面，仍然会有许多令人兴奋和喜悦的事。这就是娜乌西卡所说的：「尽管嘴上吐著鲜血，我们还是要百折不挠，做一只迎向朝日的飞鸟」。
我来一句话总结：
一切事物运动的规律都是螺旋式的上升和波浪式的前进
所以啊，相信老爷子因为苏联解体而放弃马克思主义的观众实在是嫩了一点哦（笑）
但是，这样一个简单的道理，为什么到《风之谷》里就如此艰深了呢？在故事结束之后，为什么观众都不愿相信书中的人类有未来呢？
这就是巨大困难的成功表达。
口号喊起来谁都会，但是现实很残酷，很骨感。你如果翻同时期的宫崎骏的采访的话，你会发现他在抱怨唯物史观，在抱怨虚无主义。结合当时的历史现实，你会发现宫崎骏自己精神上的巨大动摇。但是就像他自己在《红猪》里讲的一样，“就算变成猪也不当法西斯”，他不愿承认很多东西，但是他确实无法忽视很多存在对他自己的影响。于是他在《风之谷》的漫画里，与这些困扰他的东西展开了殊死的搏斗，最后那一方赢了果然是很耐人寻味的事情，但是非常显然的，他选择了谨慎地最大乐观。
当然，观众能不能感受到这份乐观就另说了，宫崎骏在作品里把观众消耗地太厉害了，以至于没人愿意相信《风之谷》（现实）的困难能够被克服了。
四、潮流的故事人物设定，精致细腻的作画与故事设计
此部分略
小结：
《风之谷》漫画的魅力是独特而难以复制的
单论故事内核来讲，和它最相近的就是手冢治虫《火之鸟》的未来篇，历史大轮回，重新再出发什么的，不过《风之谷》在塑造冲突和矛盾、困难这方面，真的是再难复制，把所有观众都看得觉得“没救了没救了”，就问还有谁（笑）。
来源：知乎 www.zhihu.com
作者：TOTOLO
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延伸阅读：
为什么宫崎骏的画面总有一种不适感？